| Modeling the effects of strigolactone levels on maize root system architecture |
2024 |
Lucido A; Andrade F; Basallo O; Eleiwa A; Marin-Sanguino A; Vilaprinyo E; Sorribas A; Alves R. |
Article d'investigació |
| An almost chromosome-level assembly and annotation of the Alectoris rufa genome |
2024 |
Eleiwa, Abderrahmane; Nadal, Jesus; Vilaprinyo, Este; Marin-Sanguino, Alberto; Sorribas, Albert; Basallo, Oriol; Lucido, Abel, Richart, Cristobal; Pena, Romi; Ros-Freixedes, Roger; Usie, Anabel; Alves |
Altres |
| Changin biosynthesis of terpenoids precursors in rice through synthetic biology. |
2023 |
Basallo, O.; Perez, L.; Lucido, A.; Sorribas, A.; Martin Saguino, A.; Vilaprinyo, E.; Perez Fons, L.; Albaceta, A.; Martinez Andujar, C.; Fraser, P.D.; Christou, P.; Capell, T.; Alves, R. |
Article d'investigació |
| CAM Models: Lessons and Implications for CAM Evolution. |
2022 |
Burgos, A.; Miranda, E.; Vilaprinyo, E.; Meza Canales, I.D.; Alves, R. |
Article d'investigació |
| Evolution of an Iron-Detoxifying Protein: Eukaryotic and Rickettsia Frataxins Contain a Conserved Site Which Is Not Present in Their Bacterial Homologues |
2022 |
Alves, Rui; Pazos Gil, Maria; Medina Carbonero, Marta; Sanz Alcázar, Arabela; Delaspre, Fabien; Tamarit, Jordi |
Article d'investigació |
| Multilevel interactions between native and ectopic isoprenoid pathways affect global metabolism in rice |
2022 |
Pérez, L.; Alves, R.; Perez Fons, L.; Albacete, A.; Farré, G.; Soto, E.; Vilaprinyó, E.; Martínez Andújar, C.; Basallo, O.; Fraser, P.D.; Medina, V.; Zhu, C.; Capell, T.; Christou, P. |
Article d'investigació |
| A mathematical model for strigolactone biosynthesis in plants. |
2022 |
Lucido, A.; Basallo, O.; Sorribas, A.; Marin Sanguino, A.; Vilaprinyo, E.; Alves, R. |
Article d'investigació |
| Maximization of information transmission influences selection of native phosphorelay architectures |
2021 |
Alves, Rui; Salvadó, Baldiri; Milo, Ron; Vilaprinyo, Ester; Sorribas, Albert |
Article d'investigació |
| EasyModel: user-friendly tool for building and analysis of simple mathematical models in systems biology |
2020 |
Bartolomé, Jordi; Alves, Rui; Solsona, Francesc; Teixidó, Ivan |
Article d'investigació |
| Revisiting Trade-offs between Rubisco Kinetic Parameters |
2019 |
Flamholz, Avi I; Prywes, Noam; Moran, Uri; Davidi, Dan; Bar-On, Yinon M; Oltrogge, Luke M; Alves, Rui; Savage, Dave; Milo, Ron |
Article d'investigació |
| Foundations of Theoretical Approaches in Systems Biology |
2019 |
Alberto Marin-Sanguino; Julio Vera; Rui Alves |
Review |
| MetReS, an efficient database for genomic applications |
2018 |
Jordi Vilaplana; Rui Alves; Francesc Solsona; Jordi Mateo; Ivan Teixidó; Marc Pifarré |
Article d'investigació |
| Quantitative operating principles of Yeast metabolism during adaptation to heat stress. |
2018 |
Pereira T.; Vilaprinyo E.; Belli G.; Herrero E.; Salvado B.; Sorribas A.; Altés G.; Alves R. |
Article d'investigació |
| Automatic Methods for Carotid Contrast-Enhanced Ultrasound Imaging Quantification of Adventitial Vasa Vasorum. |
2018 |
Pereira T.; Muguruza J.; Mária V.; Vilaprinyo E.; Sorribas A.; Fernandez E.; Fernandez-Armenteros, J.M.; Baena J.A.; Rius F.; Betriu A.; Solsona .F; Alves R. |
Article d'investigació |
| Non-invasive imaging techniques and assessment of carotid vasa vasorum neovascularization: promises and pitfalls |
2018 |
Pereira, T.; Betriu, A.; Alves, R. |
Review |
| Metabolic constraints and quantitative design principles in gene expression during adaption of yeast to heat shock |
2018 |
Pereira T, Vilaprinyo E, Belli G, Herrero E, Salvado B, Sorribas A, Altés G, Alves R. |
Altres |
| TControl: A mobile app to follow up tobacco-quitting patients |
2017 |
Pifarré M.; Carrera A.; Vilaplana J.; Cuadrado J.; Solsona S.; Abella F.; Solsona F.; Alves R. |
Article d'investigació |
| Evaluating multi-locus phylogenies for species boundaries determination in the genus Diaporthe |
2017 |
Santos L.; Alves A.; Alves R. |
Article d'investigació |
| Rare Disease Discovery: an optimized disease ranking system |
2017 |
Marc Piñol; Rui Alves; Ivan Teixidó; Jordi Mateo; Francesc Solsona; Ester Vilaprinyó |
Article d'investigació |
| Regulation of the Na+/K+-ATPase Ena1 expression by calcineurin/Crz1 under high pH stress: A quantitative study. |
2016 |
Petrezsélyová S; López-Malo M; Canadell D; Roque A; Serra-Cardona A; Marqués MC; Vilaprinyó E; Alves R; Yenush L; Ariño J. |
Article d'investigació |
| Global methodology for developmental neurotoxicity testing in humans and animals early and chronically exposed to chemical contaminants |
2016 |
Arpiné A. Elnar; Nadia Ouamara; Nadiya Boyko, Xavier Coumoul; Jean-Philippe Antignac; Bruno Le Bizec; Gauthier Eppe; Jenny Renaut; Torsten Bonn; Cédric Guignard; Margherita Ferrante; Maria Liusa Chius |
Article d'investigació |
| Computer-assisted initial diagnosis of rare diseases |
2016 |
Rui Alves; Marc Piñol; Jordi Vilaplana; Ivan Teixidó; Joaquim Cruz; Jorge Comas; Ester Vilaprinyo; Albert Sorribas; Francesc Solsona |
Article d'investigació |
| HBPF: a Home Blood Pressure Framework with SLA guarantees to follow up hypertensive patients |
2016 |
Cuadrado, J; Vilaplana, J.; Mateo, J.; Solsona, F.; Solsona, S.; Rius, J.; Alves, R., Camafort, M.; Torres, G.; Betriu, A.; Gutierrez, J.M.; Fernández, E. |
Article d'investigació |
| Identification of line-specific strategies for improving carotenoid production in synthetic maize through data-driven mathematical modelling |
2016 |
Comas, J; Benfeitas, R.; Vilaprinyo, E.; Sorribas, A.; Solsona, F.; Farré, G.; Berman, J.; Zorrilla, U.; Capell, T.; Sandmann, G.; Zhu, C.; Christou, P.; Alves, R. |
Article d'investigació |
| A survey of HK, HPt, and RR domains and their organization in two-component systems and phosphorelay proteins of organisms with fully sequenced genomes |
2015 |
Salvado B.; Vilaprinyo E.; Sorribas A.; Alves R. |
Article d'investigació |
| The CHEMDNER corpus of chemicals and drugs and its annotation principles |
2015 |
Krallinger M, Rabal O, Leitner F, Vazquez M, Salgado D, Lu Z, Leaman R, Lu Y, Ji D, Lowe DM, Sayle RA, Batista-Navarro RT, Rak R, Huber T, Rocktäschel T, Matos S, Campos D, Tang B, Xu H, Munkhdalai T, |
Article d'investigació |
| Global optimization of hybrid kinetic/FBA models via outer-approximation |
2015 |
Pozo C.; Miro A.; Guillén-Gosálbez, G.; Sorribas A.; Alves R.; Jiménez L. |
Article d'investigació |
| CheNER: a tool for the identification of chemical entities and their classes in biomedical literature |
2015 |
Usié A.; Cruz J.; Comas J.; Solsona F.; Alves R. |
Article d'investigació |
| CheNER: Chemical Named Entity Recognizer |
2014 |
Usie, A.; Alves, R.; Solsona, F.; Vazquez, M.; Valencia, A. |
Article d'investigació |
| Database Constraints Applied to Metabolic Pathway Reconstruction Tools |
2014 |
Jordi Vilaplana; Francesc Solsona; Ivan Teixido; Anabel Usié; Hiren Karathia; Rui Alves; Jordi Mateo |
Article d'investigació |
| Biblio-MetReS for user-friendly mining of genes and biological processes in scientific documents |
2014 |
Usie A, Karathia H, Teixidó I, Alves R, Solsona F. |
Article d'investigació |
| S-PC: An e-treatment application for management of smoke-quitting patients |
2014 |
Vilaplana, Jordi; Solsona, Francesc; Abella, Francesc; Cuadrado, Josep; Alves, Rui; Mateo, Jordi |
Article d'investigació |
| An in vitro system for the rapid functional characterization of 20 genes involved in carotenoid biosynthesis and accumulation |
2014 |
Bai, C; Rivera, SM; Medina,V; Alves,R; Vilaprinyo,E; Sorribas,A; Canela,R; Capell,T; Sandmann,G.; Christou, P; Zhu, C. |
Article d'investigació |
| Targeted transcriptomic and metabolic profiling reveals temporal bottlenecks in the maize carotenoid pathway that may be addressed by multigene engineering |
2013 |
Farre G.; Rivera S.M.; Alves R.; Vilaprinyo E.; Sorribas A.; Canela R.; Naqvi S.; Sandmann G.; Capell T.; Zhu C.; Christou P. |
Article d'investigació |
| Identification of regulatory structure and kinetic parameters of biochemical networks via mixed-integer dynamic optimization |
2013 |
Guillén-Gosálbez, G.; Miro, A.; Alves, R.; Sorribas, A.; Jimenez, L. |
Article d'investigació |
| Relative Amino Acid Composition Signatures of Organisms and Environments |
2013 |
Moura, A.; Savageau,MA.; Alves, R. |
Article d'investigació |
| Two component systems: physiological effect of a third component |
2012 |
Salvado B.; Vilaprinyo E.; Karathia H.; Sorribas A.; Alves R. |
Article d'investigació |
| Seguimiento y control de pacientes fumadores en proceso de deshabituación mediante SMS. Una experiencia en e-salud |
2011 |
Francesc Abella; Assumpció Vilarasau; Josep Cuadrado; Francesc Solsona; Rui Alves; Jordi Vilaplana; Joan Serra |
Article en revista divulgativa |
| Teaching systems biology |
2011 |
Alves R; Vilaprinyo E; Sorribas A; |
Article d'investigació |
| Special issue on biological design principles |
2011 |
Alves, R.; Sorribas, A. |
Article d'investigació |
| Saccharomyces cerevisiae as a model organism: a comparative study |
2011 |
Karathia, H.; Vilaprinyo, E.; Sorribas, A.; Alves, R. |
Article d'investigació |
| ¿El aniversário de la Biologia de Sistemas? |
2011 |
Alves, R., Salvado, B., Vilaprinyo, E., Sorribas, A. |
Article en revista divulgativa |
| Existo, luego soy una red. |
2011 |
Sorribas,A., Vilaprinyo, E., Alves, R. |
Article en revista divulgativa |
| Steady-state global optimization of metabolic non-linear dynamic models through recasting into power-law canonical models |
2011 |
Pozo C.; Marin-Sanguino, A.; Alves R.; Guillén-Gosalbez, G.; Jimenez L.; Sorribas A. |
Article d'investigació |
| Biblio-MetReS: A bibliometric network reconstruction application and server |
2011 |
Usie A.; Karathia H.; Teixido I.; Valls J.; Faus X.; Alves R.; Solsona F. |
Article d'investigació |
| Methods for and results from the study of design principles in molecular systems |
2011 |
Salvado B.; Karathia H.; Chimenos AU.; Vilaprinyo E.; Omholt S.; Sorribas A.; Alves R. |
Article d'investigació |
| Minimization of Biosynthetic Costs in Adaptive Gene Expression Responses of Yeast to Environmental Changes |
2010 |
Vilaprinyo E.; Alves R.; Sorribas A. |
Article d'investigació |
| Optimization and evolution in metabolic pathways: Global optimization techniques in Generalized Mass Action models |
2010 |
Sorribas A.; Pozo C.; Vilaprinyo E.; Guillén-Gosálbe,z G.; Jimenez L.; Alves R. |
Article d'investigació |
| Evolution based on domain combinations: the case of glutaredoxins |
2009 |
Alves, R.; Vilaprinyó, E.; Sorribas, A.; Herrero, E. |
Article d'investigació |
| Gene expression levels in Saccharomyces cerevisisae strongly reflect energetic cost rates of gene products. |
2008 |
Vilaprinyo, E., Alves, R., Sorribas, A. & Salvador, A. |
Article d'investigació |
| Energetic Constraints in Adaptive gene expression responses of yeast under environmental changes. |
2008 |
Vilaprinyo, E., Salvador, A., Alves, R.,& Sorribas, A. |
Article d'investigació |
| Integrating bioinformatics and computational biology: Perspectives and possibilities for in silico network reconstruction in molecular systems biology |
2008 |
Alves R.; Vilaprinyo E.; Sorribas A. |
Article d'investigació |
| Hysteretic and graded responses in bacterial two-component signal transduction |
2008 |
Igoshin O.; Alves R.; Savageau M.A. |
Article d'investigació |
| Mathematical formalisms based on approximated kinetic representations for modeling genetic and metabolic pathays |
2008 |
Alves R.; Vilaprinyo E.; Hernández-Bermejo, B.; Sorribas A. |
Article d'investigació |
| Approximate formalisms: does anything work? |
2008 |
Sorribas A.; Vilaprinyo, E. & Alves, R. |
Article d'investigació |
| Semi-Automated Reconstruction of Biological Circuits. |
2008 |
Alves, R.; Vilaprinyo, E. & Sorribas, A. |
Article d'investigació |
| In silico pathway reconstruction: Iron-sulfur cluster biogenesis in Saccharomyces cerevisiae |
2007 |
Alves R.; Sorribas A. |
Article d'investigació |
| Cooperativity and saturation in biochemical networks: A saturable formalism using Taylor series approximations |
2007 |
Sorribas A.; Hernández-Bermejo, B.; Vilaprinyo E.; Alves R. |
Article d'investigació |
| Use of physiological constraints to identify quantitative design principles for gene expression in yeast adaptation to heat shock |
2006 |
Vilaprinyo E.; Alves R.; Sorribas A. |
Article d'investigació |
| Tools for kinetic modeling of biochemical networks |
2006 |
Alves R.; Antunes F.; Salvador A |
Article d'investigació |
| Identification of operational constraints that shape the response of yeast to heat shock |
2006 |
Sorribas, A., Vilaprinyo, E., Alves, R. |
Capítol de llibre d'investigació |
| Evidence of selection for low cognate amino acid bias in amino acid biosynthetic enzymes. |
2005 |
Alves, R.; Savageau, M.A. |
Article d'investigació |
| Predictive reconstruction of the mitochondrial iron-sulfur cluster assembly metabolism: I. The role of the protein pair ferredoxin-ferredoxin reductase (Yah1-Arh1) |
2004 |
Alves R.; Herrero E.; Sorribas A. |
Article d'investigació |
| Predictive reconstruction of the mitochondrial iron-sulfur cluster assembly metabolism. II. Role of glutaredoxin Grx5 |
2004 |
Alves R.; Herrero E.; Sorribas A. |
Article d'investigació |
| Evolution and cellular function of monothiol glutaredoxins: involvement in iron-sulphur cluster assembly |
2004 |
Vilella F.; Alves R.; Rodriguez-Manzaneque, M.T.; Belli G.; Swaminathan S.; Sunnerhagen P.; Herrero E. |
Article d'investigació |
| Comparative analysis of prototype two-component systems with either bifunctional or monofunctional sensors: differences in molecular structure and physiological function. |
2003 |
Alves R.; Savageau, M.A. |
Article d'investigació |
| Evolution of enzymes in metabolism: a network perspective. |
2002 |
Alves R.; Chaleil R.A.; Sternberg M.J. |
Article d'investigació |
| Reversibility In Unbranched Pathways: Preferred Positions Based On Regulatory Considerations |
2001 |
Alves R.; Savageau, M. A. |
Article d'investigació |
| Effect Of Overall Feedback Inhibition In Unbranched Biosynthetic Pathways |
2001 |
Alves R.; Savageau M.A. |
Article d'investigació |
| Extending the method of mathematically controlled comparison to include numerical comparisons |
2000 |
Alves R, Savageau MA. |
Article d'investigació |
| Systemic Properties Of Ensembles Of Metabolic Networks: Application Of Graphical And Statistical Methods To Simple Unbranched Pathways |
2000 |
Alves R, Savageau MA. |
Article d'investigació |
| Comparing Systemic Properties Of Ensembles Of Biological Networks By Graphical And Statistical Methods |
2000 |
Alves R.; Savageau M.A. |
Article d'investigació |
| PARSYS – A tool for theoretical analysis of metabolic processes |
1996 |
Salvador, A., Garcia, J., Sousa, J., Antunes, F., Alves, R., Pinto, R. E. |
Capítol de llibre d'investigació |
| Regulação Metabólica |
1996 |
Antunes, F., Alves, R., Salvador, A., Pinto, R. E. |
Capítol de llibre docent |
| Bioenergética: Termodinâmica e Cinética em Bioquímica |
1996 |
Alves, R., Antunes, F., Salvador, A., Pinto, R. E. |
Capítol de llibre docent |
| Lipid Peroxidation In Mitochondrial Inner Membranes: I. An Integrative Model |
1996 |
Antunes F.; Salvador A.; Marinho S.; Alves R.; Pinto R.E. |
Article d'investigació |
